五世纪时，该教一部分教徒在玛兹达克的领导下，进行了一场社会和宗教改革。四百九十一到五百二十九年之间，在波斯和阿塞拜疆等地掀起了大规模的、持续不断的起义。萨珊王朝先后采取欺骗与高压的政策，起义终于被镇压。
公元前四世纪，希腊亚历山大大帝征服波斯后，波斯进入希腊化时期，琐罗亚斯德教受到沉重打击，但在公元元年前后又重新活动，在波斯万神殿中出现了希腊和波斯的混合神祇，阿胡拉·马兹达及其僚神成了太阳神、月神等的伙伴，在罗马统治时期，琐罗亚斯德教诸神之一密特拉神（太阳神）成为地中海地区普遍信仰的对象。
公元六世纪萨珊王朝亡于穆斯林，起初哈里发对琐罗亚斯德教徒表示宽容，在依法纳税后容许其保持自己的信仰；诺干年后强迫琐罗亚斯德教教徒改信伊斯兰教，残留在波斯本土的该教教徒，被称为迦巴尔（异教徒），部分通过西域进入中国，使该教在南北朝和隋唐时期盛行于西域。
很多人错误地把琐罗亚斯德教与摩尼教、拜火教混为一谈，实际这三者同源但教义不同甚至略有冲突。就如同犹太教、基督教和天主教的关系。据二十世纪七十年代统计，约有一点七万人分布在伊朗南部的耶斯德和格尔孟等地；另一部分教徒从八世纪初由波斯迁往印度西海岸古扎拉特等地后，与迦巴尔失去联系，至十五世纪中叶后又恢复联系，十七世纪后，他们在孟买附近形成一个独特的社会集团，被称为帕西人。据二十世纪八十年代统计，帕西人约有十万，大都经营工商业，在印度经济生活中有重要影响。
阿胡拉·马兹达（Ahura Mazda）是琐罗亚斯德教的最高神，又名欧马兹特（Ormuzd）。阿胡拉·马兹达在善恶二元论中是代表光明的善神，与代表黑暗的恶神阿里曼（Ahriman）进行长期的战斗，最后获得胜利。
创世分为七个阶段：天空、水、大地、植物、动物、人类、火。为了战斗，阿胡拉·马兹达创造了世界和人，首先创造了火，琐罗亚斯德的出生是善神阿胡拉·马兹达胜利的结果，琐罗亚斯德的精髓每一千年产生一个儿子，他指定第三个儿子为救世主，以彻底肃清魔鬼，使人类进入“光明、公正和真理的王国”。
按该教经典之一《创世纪》，谓宇宙自亘古以来善、恶二神即已存在，中间间隔为虚空，二者相互斗争，于是开始了创世过程。该教神话把世界历史分为四个阶段，每段三千年，共一万两千年：
第一阶段（最初的三千）中，阿胡拉·玛兹达创造精神世界，而无物质形式，皆为原型；
第二阶段（三千年至六千年）中，双方在物质世界战斗，安格拉·曼纽杀死了原牛，原牛的骨髓产生了植物，其“种”被提纯后产生益畜，后他又杀死原人伽玉玛特，其尸体化为金属，其“种”经提纯后保存，四十年后生了人类最初的一对男女始祖，其状如大黄（多年草本植物）一样，紧密拥抱在一起，并繁衍了人类，但他们受恶神之引诱而堕落；
第三阶段（六千至九千年）马兹达与安格拉·曼纽进行了激烈斗争，互有胜负。在第九千年时，依善神的意志，琐罗亚斯德诞生，其诞生标志着世界将进入一个新的时期，将宣扬该教，率众与黑暗作斗争，抑止恶神；
第四阶段（九千年至一万两千年），琐罗亚斯德教将广传世界，继续斗争，为拯救世人，琐罗亚斯德的第三子将于此阶段末降生，成为“义”的化身，即“救主”，他将彻底清除恶魔，取得最后的胜利，引导人类进入光明、正义与真理之国，此亦即该教之最高理想，这些神话后来被其他宗教继承，如犹太教之救主将降临、建立理想的千年王国有雷同之处。
该教主张在善与恶的斗争中，人们站在哪一方面，具有个人的自由意志，善有善报、恶有恶报，死后之待遇如何，据生前崇拜马兹达之虔诚程度与个人表现而定，佛教亦继承了此种思想，该教还把人生前的活动分为思想、言论、行动三类，每类中均有善恶两种，并将其与天堂、地狱相联系，“行善者得善报，行恶者得恶报”。
从善者将逐步进入天国，首进天堂之善思天，次进善语天，继进善行天，最后步入光明天，即永恒之天堂。该教还相信灵魂转世，据说人死后其灵魂在其尸体上停留四天，以检查其一生之思、言、行，第四日进入裁判之桥，有群狗守护，如其为善者，将有少女迎接，引至天堂之路；如是恶者，迎之者为女鬼，将其引上地狱之途，永受沉沦之苦。这说明该教已出现世界宗教之萌芽，信徒之得救与否非与生俱来，而是取决于信仰及生前之思想、言论、行动。
审判分为两种：其一是人死之后第三天，由一位名为Daena的女神带往“裁判之桥”接受审判。Daena为良知之意，审判之后，善人进入天堂，而恶人则进地狱，而善恶混杂的人，则进入第三境地，该地阴暗，没有快乐，也没有悲伤。 其二是：所有灵魂在世界末日时都要最后受一次最后审判，人的灵魂可以荡除罪恶而复活。
琐罗亚斯德的二元论学说对于以后在波斯和中亚地区流行的摩尼教，中东地区的闪族宗教、犹太教，基督教中的异端诺斯替派，希腊罗马哲学中的毕达哥拉斯、赫拉克利特等都有过不同程度的影响。
琐罗亚斯德教的主要经典是《阿维斯陀》（Zent-Avesta），又称《波斯古经》，是研究波斯宗教之唯一典据，教义概括为神学上的一元论和哲学上的二元论，认为宇宙初期有善恶两种神，善神为阿胡拉·马兹达，意思为智慧之主、光明、生命、创造、善行、美德、秩序、真理的化身，恶神为安格拉曼钮，是黑暗、死亡、破坏、谎言、恶行的化身，最后善神击败恶神，成为世界唯一存在的主宰，波斯古经除了记述伊朗的宗教神话、赞歌、礼仪、戒律外，还包括其民族起源、历史、民间传说、英雄史诗等内容；波斯宗教中对天使、魔鬼的描述以及其末世观念和末日审判等之说，无疑都对当时的犹太教产生了一定的影响，后来更为基督教所继承。
阿维斯陀之意与印度吠陀相同，乃智识之谓，圣特为注释之义。圣特语，即波斯古圣语，但此注释书圣特却是用帕拉维（Pahlavi）语言写成，即波斯语，主要记述琐罗亚斯德的生平以及教义，原有二十一卷，亚历山大大帝征服波斯后认为，信仰琐罗亚斯德教的波斯人作战太勇敢，故毁琐罗亚斯德教所有经典，所幸存下来的阿维斯陀仅有一卷，而在希腊留有的一部完整二十一卷抄本后来散佚，在波斯萨珊王朝期间，琐罗亚斯德教复兴，这一卷《阿维斯陀》被拼凑、补齐成为二十一卷，但与原来的版本已不可同日而语。
公元三世纪初安息王朝的伏洛奇薛斯一世曾下令重新收集、整理，把口头流传的内容用文字记录下来；萨珊王朝建立后，这项工作又继续进行，在沙普尔二世执政时期最后完成《阿维斯陀》二十一卷，该经主要记述琐罗亚斯德的生平和教义。
现有的《阿维斯陀注释》为九世纪以后用中古波斯的帕拉维语（钵罗婆语）翻译和写作，由若干分散的经典汇集而成，分为六个部分：
一，耶斯那，即祭祀书。祭司向神供献祭品时所唱的赞歌，是《阿维斯陀》的主体；其中《伽泰》（意译为《神歌》）是整部经的最古部分，共十七章。它所使用的语言、韵律、格式与《阿维斯陀》其他部分都不一样，主要是韵文。很多学者认为，它是公元前六世纪上半期或中期，甚至更早的作品，据说《伽泰》是琐罗亚斯德本人说教的记录，因此是教徒日常必读的经文；
二，维斯帕拉特，即众神书，也称为小祭祀书，内容是有关对各种守护神等的赞颂；
三，维提吠达特，即驱魔书；
四，耶斯特，即赞颂书，内容是对各种神祇和天使的赞颂；
五，库尔达，也称“小阿维特斯陀”，即短的赞歌或祈祷书；
六，其他零星和片断的颂歌，从内容看该经是波斯古代宗教神话、传说、历史等的汇集，有些在琐罗亚斯德以前就已出现，琐罗亚斯德教则根据自己的需要加以编纂。
此外还有用帕拉维语、波斯语或印度地方语写作的经典和历史文献：《那斯克》，为《阿维斯陀》提要，成书于九世纪；《宗教行事》，有琐罗亚斯德教百科全书之称，阐述该教哲学、道德和教史等，成书于九世纪；《创世记》描述世界的创成、被创造物的性质、善与恶、末世审判等，成书于九或十一世纪，现存有波斯和印度的文本。另外琐罗亚斯德教徒从波斯迁居印度后用波斯语或其他文字写作的《伊斯兰的神学者》及《塞犍传奇》（现存最早的是一千六百九十二年写本），叙述琐罗亚斯德教的分派和向印度次大陆传播的历史等。